Ao invés disto, e em contraste com os sertanistas que já preferiam o ouro a qualquer outra exploração, quis o administrador geral das minas desenvolver o fabrico do ferro na Capitania de São Vicente. Já eram conhecidas outras minas, como já vimos; e para aproveita-las foi celebrado por escritura de 26 de fevereiro de 1609, em notas do tabelião Simão Borges de Cerqueira, (diz a Chronologia), um contrato de sociedade entre o marques das Minas, o provedor da fazenda Diogo de Quadros e o cunhado deste Francisco Lopes Pinto. Visavam os sócios estabelecer o novo engenho na ilha de Santo Amaro, á margem do rio Geribatuba, fronteiro á ilha de São Vicente e á esquerda do Morro das Neves. Esses termos da escritura identificam esta fábrica nova com as ruínas visitadas por Eschwege em 1810, aproximadamente.
O auto de ereção á freguesia (14 de janeiro de 1680) da capela de Santo Amaro, ereta por João Peres e a sua mulher Suzana Rodrigues, naturais de Portugal e vindos na frota de Martim Afonso, declara que se acha este edifício colocado á margem do Gerybatuba, "nome que o vulgo corrompeu na pronuncia para o de Jerubatuba". É a mesma Chronologia citando Taques, declara, a propósito de carta patente do Capitão-mór João Corrêa, nomeando Sardinho o primeiro descobridor de minas no Brasil, que o sítio de Ubatá, pertencente a este último, estava localizado junto ao rio Jurubatuba, "que agora se diz Rio dos Pinheiros". Não ha dúvida, portanto, que as minas atribuídas pelo Barão de Eschwege, á primeira fábrica de ferro brasileira, e são efetivamente da segunda, que estava colocada nas vizinhanças das terras de Afonso Sardinha, morador no Ubatú enquanto que o engenho se achava "no sítio Borapoeira da outra banda do Rio Jerabatiba", segundo afirma Taques. [Páginas 33 e 34]
O nome daquele que foi um dos maiores bairros de São Paulo nasceu de uma pequena imagem. Santo Amaro, padroeiro dos agricultores e discípulo de São Bento, passou a denominar a região a partir de 1560, quando o casal João Paes e Suzana Rodrigues doou um santo de madeira à capelinha Nossa Senhora da Assunção de Ibirapuera, instalada no aldeiamento de índios catequizados naquela área.
O embrião da vila de Santo Amaro surgiu em 12 de agosto daquele ano, data em que os jesuítas tomaram posse oficial de duas léguas de terras de relevo suave, localizadas à margem esquerda do rio Jurubatuba. As terras foram doadas aos jesuítas pelo Capitão Francisco de Morais, em nome do padre Luís de Grã, provincial da Companhia de Jesus.
A capelinha para a qual foi doada a pequena imagem de madeira do santo era o ponto central do aldeamento de índios. A pequena imagem do santo, ainda hoje, depois de 450 anos, pode ser vista na igreja matriz de Santo Amaro. A igreja do Largo 13 de Santo Amaro já passou por quatro grandes reformas, desde o seu surgimento, mas a imagem de madeira ainda está lá.
