Figura pouco comentada da ocupação quinhentista do sudeste, além do interior brasileiro, FRANCISCO NUNES CUBAS (sobrinho de Brás Cubas [Brasão a esquerda], fundador da Vila de Santos), teria nascido em 1534, certas genealogias datam 1547. Filho de Gonçalo Nunes Cubas, seria homônimo de um tio seu (tripulante da Armada Afonsina).

A família de Francisco Nunes Cubas possuía terras na Ilha Barnabé, margem esquerda do Estuário do Porto (Largo de Caneú), ilhota defronte a Vila de Santos, onde cultivavam cana-de-açúcar, arroz e outros gêneros, mantinham criação de porcos.

Dados de "Inventários e Testamentos" publicados pelo Arquivo Público do Estado de São Paulo, era sua conjugue Izabel Justiniano Adorno, cujo casamento aconteceu em 1571, gerando uma filha Anna Maria Justiniano Adorno.

O Capitão Francisco Nunes Cubas tornou-se o primeiro comandante do Forte de Itapema (Forte Vera Cruz), nomeado por D. João V. Em 1617, comprou estas terras pertencentes a Jorge Ferreira (Senhor de Itapema), na Ilha de Santo Amaro e outras posses por provisão do Governador Geral D. Francisco de Souza.

Foi ainda um Bandeirante Paulista. As Bandeiras Paulistas foram expedições exploratórias no território brasileiro colonial. O movimento das Bandeiras possibilitou o desbravamento interior do Brasil. Nisso criaram rotas, caminhos. Ampliou consolidando a ocupação Lusa. A ação dos Bandeirantes contribuiu para a manutenção da economia da Colônia portuguesa e riquezas a Coroa Lusitana.

Com o século XVII começa a Épica Era das Bandeiras Paulistas e sua penetração definitiva Brasil adentro. Estas tiveram especial relevância, por serem pioneiras, não se limitaram a desbravar os caminhos e assim, abrir espaço ao povoamento do Sul, que era a região mais próxima, mas penetraram na direção Centro-Oeste. Ocupando estas Regiões que passaram a corresponder ao Território Brasileiro, ao arrepio dos limites fixados pelo Tratado de Tordesilhas. Outras Bandeiras seguiram até o Nordeste.Como dito, eram Expedições empreendidas a época do Brasil colônia com fins diversos. Exploração do território, expansão das fronteiras, busca de riquezas minerais, captura ou extermínio de escravos indígenas, ou ainda Africanos.

As Bandeiras eram constituídas por Fidalgos portugueses, colonos, estrangeiros, clérigos, mamelucos (mestiços) e índios amansados. As vezes agrupamentos de algumas dezenas, três centenas ou poucos milhares de homens.

Os cursos d’água (rios) eram naturalmente o meio de transporte acessível. Contudo, como não se interligavam, em pontos tomados aleatoriamente abriam-se picadas, até o encontro de nova via fluvial. Viajando em grandes canoas levavam mantimentos, utensílios, ferramentas, armas e munições. Febres, a fome, os animais selvagens e indígenas inimigos levaram ao extermínio de sucessivas Bandeiras.Além do português os Bandeirantes também falavam a língua Tupi, língua esta que era por vezes a utilizada cotidianamente por eles (Nhangatu). Foi com termos Tupis que os Bandeirantes nomearam vários lugares por onde passavam, originando muitos dos atuais topônimos brasileiros.

A maioria dos Bandeirantes, andava descalço. Sendo que geralmente usavam chapelões, levavam como equipamento as botas e as alpargatas, comumente feitas de couro, coletes. Armaduras e armas como as espadas, lanças, facas, os punhais, terçados, alfanjes, machados. Os arcos e flechas indígenas, tacapes, bordunas. As pistolas, espingardas, os arcabuzes, mosquetes e bacamartes.

A cargo das Bandeiras Paulistas somou-se a questão das Missões Jesuíticas envolvendo o Paraguai e parte fronteiriça do Brasil. Ou seja, domínio da Região Sul e Centro-Oeste então abrigando Autoridades espanholas, colonos, padres divergentes da Companhia de Jesus e militares, um empecilho a expansão portuguesa.Os Jesuítas posicionaram-se contrários ao aprisionamento de nativos. Conseguiam incorporar os indígenas ao trabalho nas suas fazendas utilizando a catequese. Por isso, os colonizadores portugueses consideravam-nos concorrentes desleais.Na primeira metade do século XVII intensificaram grandemente as incursões naqueles rincões do Brasil. Ali se erguia um baluarte contra as pretensões da Coroa Lusitana.

O padre Ferrufino, Procurador-Geral da Companhia de Jesus relatava (1633) que os Paulistas haviam destruído, "com impiedade e crueldade nunca vista uma das mais numerosas e florescente província". Mais de mil almas haviam sido chacinadas, escravizadas e dispersas.Apenas o início de um tormento, descreve outro padre. A longa caminhada dos apresados nativos até São Paulo prometia horrores como "matar os enfermos, velhos, aleijados e crianças que impedem os pais ou parentes a seguirem a viagem com a pressa e expediência que eles pretendem". - Dando de comer nacos das vítimas a seus cães.Sobre tais ataques contam ainda, levavam tudo a sangue, fogo cerrado, matando e roubando sem perdoar os que acolhiam-se ao lugar sagrado da igreja, profanando sacrílegamente.

Profanavam templos, destruíam as santas imagens, matavam Missionários e maltratavam outros. Quem tais horrores praticava não podia ser gente católica embora nestas Bandeiras marchassem Capelães, sim, mas clérigos transviados (comumente de outras Ordens Eclesiásticas). Protestavam Jesuítas e Autoridades espanholas.Os Bandeirantes Paulistas eram chamados pelos espanhóis de "maloqueros", cuja audácia devassava terras ditas da Coroa Hispânica. Gente ímpia, que cometia as maiores crueldades, traições e velhacarias, que nenhum vassalo da Coroa católica faria e jamais fizeram."Essa gente não teme excomunhões, não obedece as cédulas reais, não faz caso da justiça de Deus nem dos homens!..." - Escreve o Provincial Nicolau Duran.

Faziam de sua vida de latrocínios, um viver tão infame e indigno de cristãos. Muitos passavam cinco, dez, dezoito anos na selva, vivendo feito brutos sem dar-se conta de suas casas e de suas mulheres legítimas.

O Bandeirante Francisco Nunes Cubas tomou parte nas Expedições ao Guairá, província espanhola (1602) e a Santa Catarina (1615). Integrou as Bandeiras Paulistas, atrás de pedras e metais preciosos, escravos indígenas, travando batalhas com os nativos, espanhóis e Jesuítas opositores aos métodos dos Bandeirantes.

Segundo inventário da Bandeira de Nicolau Barreto (1602) seguiu pelo sertão de S. Paulo e terras brasilis adentro (pros lados do Guairá). Em Dezembro de 1615, participante duma outra de Lázaro da Costa, acampada no Sertão dos Carijós. Julho de 1637, integra a Bandeira capitaneada por Jerônimo Bueno internada as margens do Rio Taquari, afluente do Rio Paraguai.

Assumiu o cargo de Escrivão da Câmara santense. Em 14 de Maio de 1653, era Vereador na Vila de S. Vicente (sessão conjunta com os legislativos de Santos e S. Paulo), quando aprovou o retorno dos Jesuítas a Capitania piratininga, apesar dos antigos entreveros.Reivindicou no ano de 1642, por ser filho e neto de conquistadores e povoadores, tendo toda sua descendência, bem como familiares habitando a Colônia brasileira, outrossim pelos serviços militares prestados, obteve uma légua de terra no Rio de São Francisco.