Ao redor da vila, um cinturão de aldeias - ou, mais apropriadamente, aldeamentos de indígenas descidos do sertão - representava uma reserva de defensores, mas, sobretudo, de mão de obra. O surgimento das aldeias acompanhou a própria criação formal da vila de São Paulo. Em 1560, ao mesmo tempo em que ordenou o desmanche de Santo André e a reunião dos colonos na recém-criada vila de São Paulo, o governador-geral também criou as chamadas “aldeias d´El Rei”, aldeamentos que reduziam índios para serem catequizados, formando assim uma espécie de “reserva”, tanto de mão de obra quanto de guerreiros para eventuais conflitos. Estas aldeias passaram imediatamente para as mãos dos jesuítas que tinham, sobre estes, todo o poder:

Coube aos jesuítas do Colégio a administração dessas aldeias, tanto no âmbito espiritual quanto no “temporal”, o que incluía o controle sobre a repartição dos trabalhadores entre os colonos. (. ) o estabelecimento e o desenvolvimento dessas comunidades estiveram na raiz de uma série de conflitos envolvendo lideranças indígenas, jesuítas, colonos e a própria Coroa.