Já para Francisco Martins dos Santos em sua obra já citada, seria desta maneira, a primeira manifestação da vingança do Bacharel, pela sua expulsão de São Vicente. Segundo a sua linha de raciocínio, Martim Afonso não desconfiou de uma cilada por parte do genro do Bacharel (Francisco de Chaves), e nem do próprio Bacharel. Martim Afonso, entusiasmado pela idéia de quatrocentos escravos carregados de prata e ouro, não teria [“São Vicente Primeiros Tempos”, 2006. Secretaria de Turismo e Cultura da Prefeitura de São Vicente. Página 53]
Deante do que já ficou relatado em nosso histórico sobre Gonçalo da Cósta, retirou-se Mestre Cósme, no ano de 1531 para a região de Iguapé, levando consigo toda a sua vasta parentéla, todos os seus amigos europeus e grande numero de aborígenes, primitivos dominadores de S. Vicente. Só ficaram Antonio Rodrigues e João Ramalho, este, quase sempre sobre as serras, não se sabendo o fim que teria levado o Capitão Antonio Ribeiro, embora suponhamos que ele tenha embarcado com Henrique Montes, em 1530, na Armada de Caboto, de volta a Portugal.
O "bacharel" Méstre Cosme, recebeu em seu retiro de Iguapé, no mesmo ano de sua retirada, em 1531, a visita de Martim Affonso, feita em Agosto, ocasião em que, Francisco de Chaves acompanhando Pero Lobo, partiu chefiando a infortunada bandeira de Cananéa, e ali aguardou apenas o tempo suficiente para amadurecer a desforra projectada ás injustiças e iniqüidades que sofrera. Ao meio do ano de 1534 começaram as manifestações de hostilidade entre a gente do çeducto de Iguapé e os moradores da Villa de São Vicente. Solidarizados os hespanhóes de Mosquera, que ha- viam descido do sul para aquelle logar, com as forças nu- merosas do " bacharel", começaram todos a affrontar os vi- centinos.Pelo que falava elle com mais desembaraço do que devia, e disso resultou que o capitão daquella cósta mandou notificar-lhe que fosse cumprir o seu desterro no logar designado por el-Rei
. . .já estavam os hespanhóes ali em Iguapé dois annos vivendo em paz, quando um fidalgo portuguez, chamado o Bacharel Duarte Peres se lhes veiu metter com toda sua casa, filhos e criados, despeitado e queixoso dos de sua própria nação, o qual havia sido desterrado por el rei D. Manoel para aquela cósta, na qual havia padecido inumeráveis trabalhos".
Intimado por Martim Afonso, que fundeara em Bertioga, o Bacharel Mestre Cosme abandonou São Vicente aproximadamente em julho de 1531, dirigindo-se para a região de Cananéia, aonde veio a encontrar a armada de Martim Afonso em 12 de agosto, segundo descrição do Diário de Pero Lopes. Ainda não foi provado, não havendo suficientes provas documentais com relação à passagem de Martim Afonso por Bertioga e o seu encontro com João Ramalho naquele ponto, cuja referência já se fez tradição.
Foi depois da chegada de Martim Afonso a Cananéia, que se teria verificado, segundo alguns historiadores, a primeira vingança do Bacharel, oculta sob o que poderia parecer uma infelicidade normal. Francisco de Chaves, genro do Bacharel, informa a Martim Afonso que, não muito longe dali, havia ouro em quantidade, a ponto de o novo capitão de São Vicente acreditar na informação, confiando-lhe 80 dos seus melhores homens, além do chefe (Pero Lobo).
