Uma parte, portanto, com missão povoadora e a outra, punitiva. Tanto o Conselho de Guerra quanto o rei rejeitaram a proposta. Em resposta, o rei afirmou que a divisão exigiria muita estrutura, muita gente e ainda mais mantimentos. Assim sendo, mesmo que a missão se dilatasse em 40 ou 50 dias, a armada deveria levar Pedro Sarmiento ao Estreito, Alonso de Sotomayor ao Chile, passar pelas Ilhas dos Açores e dar a “vuelta pelas Índias” combatendo corsários. [1]No entanto, aos poucos, o Brasil foi ganhando cada vez mais significado naviagem e na missão da armada. Na ocasião da “limpeza” de corsários a se fazer nolitoral sul-americano, o rei enviou através de Valdés uma carta a ser entregue àsautoridades no Brasil. Nela, o rei ordenava às autoridades locais que prendessem eentregassem ao almirante todos os corsários ingleses que já estivessem presos, por “elaviso que se tiene”. O objetivo era trazê-los ao reino para serem julgados. [2]Contudo, a passagem da armada pelo Brasil esbarrava na dúvida quanto aomelhor porto para ancorarem. No Conselho de Guerra, debatia-se onde, na costabrasileira, a armada deveria invernar, e sobre a conveniência de “reduzir” a mesmacosta antes ou depois de cumprir a missão principal de fortificar o Estreito. Algunsconselheiros avisaram ao rei que chegavam notícias reportando que parte da costa doBrasil “no esta reducida al servicio de VM”, e, portanto, convinha “deixar alguna genteen terra y pelear”. Cautelosos diante de qualquer desvio da função principal, elesrecomendavam, se não fosse possível à armada de Valdés reduzir o Brasil ao império,que se mandassem, em separado, pelo menos uma caravela abastecida e algumas nauspara fazê-lo.
Comunicava o Rei D. Manoel a seus sogros, Fernando e Izabel de Espanha o sucesso da segunda viagem á índia, por seu almirante Pedro Alvares Cabral, dizendo no que se referia ao Brasil, o seguinte:
“...O dito meu capitão partiu com 13 naus, de Lisboa, a 9 de março do ano passado, e nas oitavas da Pascoa seguinte chegou a uma terra que novamente descobriu, á qual colocou nome de Santa Cruz, na qual encontrou gente nua como na primitiva inocência, mansa e pacifica; a qual terra parece que Nosso Senhor quis que se achasse, porque é muito conveniente e necessária para a navegação da índia, porque ali reparou seus navios e tomou água; e pela grande extensão do caminho que tinha de percorrer, não se deteve afim de se informar das cousas da dita terra, somente me enviou de lá um navio para me noticiar como a achou. Carta do rei dom Manuel, datada de Sintra, anunciando aos príncipes católicos o descobrimento da terra de Santa Cruz, por Pedro Álvares Cabral