Ao final do processo, a armada foi mesmo invernar no Rio de Janeiro em seucaminho de ida, mas, na volta do Estreito, passou pela Bahia. De qualquer maneira,somente em dezembro de 1581, com 17 navios, após muitos reparos e a reposição dealguns homens mortos, a armada definitivamente tomou seu rumo. Segundo a “Relaçãoda gente da armada”, nela foram 971 soldados, 722 homens de mar, 170 povoadorespara o Estreito e 545 soldados para o Chile.