Nos registros deixados por Saint-Hilaire, no século XIX, não há informações que indiquem que ele entrou na igreja em sua visita a cidade, assim como, não há muitos detalhes nos registros de outros cronistas. Porém, a mais antiga fotografia do interior da igreja, é do século XIX, de 1826, realizada por Hercule Florence. Em 1891, a edificação foi atingida por um incêndio que começou em sua vizinhança, e seus reparos executados em 1894.Segundo uma Ata da Mesa, de 8 de dezembro de 1899,"a irmandade foi intimada a proceder à demolição da torre, supostamente ameaçando ruína, e a reconstrruir a fachada, obedecendo ao novo alinhamento da Rua Direita. As obras iniciadas em 28 de março daquele ano, foram custeadas pela então Irmã Provedora, a Baronesa de Tatuí, pelo que recebeu voto de agradecimento naquela mesma data."[BENS CULTURAIS ARQUITETÔNICOS NO MUNICÍPIO E NA REGIÃO METROPOLITANA DE SÃO PAULO. São Paulo: SNM – Secretaria de Estado dos Negócios Metropolitanos, EMPLASA – Empresa Metropolitana de Planejamento da Grande São Paulo S/A e SEMPLA – Secretaria Municipal de Planejamento, 1984, p177-178.] Sobre essa nova reforma, é mencionado o nome da Irmandade de Nossa Senhora do Rosário dos Homens Brancos e além da Baronesa da Tatuí, a Condessa Prates também contribuiu para as obras da nova fachada.