Conta a história que antes do início da colonização portuguesa, a região de São Sebastião era ocupada por índios Tupinambás ao norte e Tupiniquins ao sul, sendo a serra de Boiçucanga, 30 km ao sul da estância, uma divisa natural das terras das tribos. Recebeu este nome em homenagem ao santo do dia em que passou ao largo da Ilha de São Sebastião, hoje Ilhabela, a expedição de Américo Vespúcio em 20 de janeiro de 1502.
