Com o hospital foi também fundada a povoação, que devia servir de base á cidade actual, preponderando, para isso, no animo do Braz Cubas a convicção de que assim evitava o incommodo de fazer viagens largas, quando lhe fosse necessário ir á villa, e a dita povoação ficava mais próxima á sua fazenda e em sitio mais adequado para o embarque e desembarque dos navios, como elucida Frei Gaspar.
Para levar a efeito este "tentamen", no anno mencionado de 1543, Braz Cubas comprou de Paschoal Fernandes e Domingos Pires as terras situadas junto ao outeiro de Santa Catharina, na face norte da Ilha do Morpion, já conhecida por Ilha de S. Vicente ; e, reconhecendo a superioridade da bahia, a que os nativos apropriadamente chamavam Enguáguassú (4), mandou roçar o mato que cobria as ditas terras, e, ativo e empreendedor como era, fundou a povoação de fogo morto, com o nome de porto da vila de s. vigente, criando também, alem do hospital que teve a invocação de Santos, á semelhança de outro que existia em Lisboa com igual invocação, diferentes dependências, como um pequeno forte, que ainda existia em 1887, servindo á repartição da Guarda-Moria da Alfandega, e tendo o Pelourinho, o primeiro, levantado entre. a praia e o solo, onde hoje ainda existe a casa do Trem. [Página 17 e 18]
Pelas dificuldades de escoamento da produção local, Brás Cubas comprou terras no outro extremo da ilha, chamada pelos indígenas de Yguaguaçu-pe. De posse desta nova área, construiu, em 1543, junto ao outeiro de Santa Catarina – atual colina de Montserrat –, uma igreja dedicada à Nossa Senhora da Misericórdia e um hospital denominado Todos os Santos. Segundo Fr. Gaspar, daí veio o nome da futura vila de Santos.
Nos mapas antigos existem áreas que são denominadas como Morpion ou Morphion, Orpion e ainda mapas mais raros com designação de Affumption e Assumption. Este parece ser um termo misterioso que começou aparecer entre século XVI (entre 1581 a 1598) sendo encontrados suas variações até o século XVIII (entre 1700 a 1736).
