Chegou a Lima em 26 de junho de 1544, poucos dias antes da abertura oficial da Real Audiencia (tribunal) e alguns meses após o início do levante dos "encomenderos". Ao revisar as contas do tesouro real de Lima, Zárate notou que elas foram "tomadas sem manter nelas o estilo, a forma e a boa ordem, de modo que decidiu realizar novamente o exame de todos os registros, desde a conquista de Francisco Pizarro expedição cerca de 15 anos antes. Segundo nota de Anton Nieto - secretário de Zárate - os funcionários do rei e as pessoas que os assistiam queixavam-se desta auditoria de Zárate e já não o suportavam.
