1° fonte: Efemérides Brasileiras, José Maria da Silva Paranhos Jr. (1845-1912)
Hans Staden e seus companheiros viveram naquela ilha por espaço de dois anos. Em 1551, ele partiu em uma pequena embarcação, que naufragou na costa de Itanhaém. Foi bem acolhido em São Vicente, e Brás Cubas confiou-lhe a defesa de um fortim levantado então na barra de Bertioga, sobre a ilha de Santo Amaro, em frente ao forte de Santiago, que ficava na terra firme. O governador-geral Tomé de Sousa, visitando a capitania (1553), fez construir nesse mesmo lugar(ponta da Armação) o forte de São Filipe, do qual Staden ficou sendo comandante. Em dezembro, tendo-se este aventurado a sair só em busca de caça foi assaltado pelos Tamoio e levado prisioneiro. Em muitos capítulos do seu livro, refere ele os transes por que passou durante..

1° fonte: Revista do Instituto histórico e geográfico de São Paulo vol. XVIII
Na parte a que nos referimos diz esse traslado : «elle capitão (Martim Affonso) lhes houve por demarcadas pelas demarcações já ditas e metteu posse realmente em feito, visto já a obra que na dita Ilha tem de cannaviaes e mantimentos, e por elle dito Braz Cubas foi também pedido â elle Capitão mandasse a mim tabelliào que desse aqui a minha fé em como havia três annos que Joào Pires Cubas, seu pae, viera a esta terra com fazenda e gasto para aproveitar as ditas terras e tomar posse delias e aproveital-as, o que deixou de fazer por dita terra ser habitada por gentios nossos contrá- rios e por esse respeito não pudera nem podia aproveital-as, etc." Verifica-se, pois, pela referida escriptura, cuja cópia acha-se transcripta no volume VI da Revista do Instituto Histórico de S. Paulo, que a dita Ilha Pequena fazia parte das terras doadas ; que nella residiram Braz Cubas e seu pae ; e que, finalmente, este foi o portador da referida carta de doação em 1540.

Foi, portanto, nesta época que Braz Cubas concebeu o levado e feliz plano de fundar uma povoação, começando por uma Casa de Misericórdia; e, após, lançou os primeiros alicerces da referida povoação, que imponente hoje se ostenta á margem do canal que a circunda e que constitue, em toda a America, o porto de mais seguro abrigo. O principal motivo deste arrojado commettimento fundava-se em que «era inconveniente o surgidouro onde o rio de Santo Amaro desembocca no canal da Barra Grande e onde os navios, até tempo, davam fundo, assim aos marinheiros como aos donos das fazendas : aos primeiros por lhes ser necessário residir em porto solitário, emquanto as embarcações aqui demoravam ; e aos segundos porque conduziam para a Villa as suas cargas mais pesadas ou pela Barra de S. Vicente, com muito perigo, em canoas, ou por dentro, rodeando toda a Ilha. com viagem mais dilatada; accrescentando ainda que «os marinheiros que chegavam enfermos ou aqui adoe- ciam, depois de cá estarem, padeciam muitas necessidades por falta de se curarem.» Com estes nobres, elevados e humanitários intuitos, despertados por uma inspiração toda santa, conseguiu Braz Cubas, sob os melhores auspícios e com o concurso dos seus conterrâneos, homens bons, moradores principaes da terra, realizar tão notável emprehendimentb, erigindo nesta terra, entào inculta, um hospital e irmandade de Misericórdia que o administrasse.

De fato, um hospital, com irmandade de misericórdia, foi erigido neste local, que, a esse tempo, era mato virgem, constituindo-se, assim, a primeira confraria, no género, nesta vasta região da America Meridional; ella foi confirmada por D. João III, em Almeirim, aos 2 de Abril de 1551, como é expresso no antigo Livro de Compromisso existente no archivo daquella irmandade.

Com o hospital foi também fundada a povoação, que devia servir de base á cidade actual, preponderando, para isso, no animo do Braz Cubas a convicção de que assim evitava o incommodo de fazer viagens largas, quando lhe fosse necessário ir á villa, e a dita povoação ficava mais próxima á sua fazenda e em sitio mais adequado para o embarque e desembarque dos navios, como elucida Frei Gaspar.