"Tomou esta contenda um tom enérgico, em porventura teve ela o seu desfecho em 1560, no tempo do governador Mem de Sá, o terceiro investido com a administração geral do Brasil; o que por certo deveu-se ás assíduas e veementes instancias dos padres de Piratininga, impostas ao governador pela conduta de Manoel da Nóbrega".
"O provincial da companhia, que soube insinuar-se na amizade do novo governador, e, a título de seu diretor espiritual, tinha ingerência na gestão dos negócios temporais embora profanos fossem, e em imitação do que ia pela metrópole, serviu de veículo aos reiterados pedidos dos jesuítas do campo para conseguir do governador a transferência da vila de Santo André que medrava a olhos vistos, e, na mente dos seus adversários, era isso elemento da sua destruição, instaurando-a junto ao colégio da sua missão, situado nas abas da povoação, habitada exclusivamente pela raça nativa, e por alguns descontentes evadidos do feudo de João Ramalho." Alegaram os jesuítas que uma das razões para destruição da vila de Santo André, era não haver padres naquela vila!... E por haver gente embrutecida!... E para que vieram eles para o Brasil?...
"Em suma, e por força desse lidar ostensivo, menos esforçado que clandestino, foi em 1560, e por mandado do governador geral, que a esse tempo achava-se em São Vicente, extinta! E o que é mais odioso! Demolida a vila de Santo André a primogênita de Martim Afonso nos campos de Piratininga coma qual o donatário da capitania remunerou a João Ramalho os importantíssimos serviços prestados por este no seu desembarque em Bertioga; transferindo-se o seu foral de vila para a povoação junto ao colégio dos jesuítas, que tomou o nome de vila de São Paulo de Piratininga."
