Aymberê foi o grande articulador político, visitando os chefes de tribos, convocando-os para uma reunião na Gávea (RJ), em 1563. Ali foram discutidas questões relacionadas ao problema da chefia e os planos de guerra. Entre os líderes presentes figuravam vários tupinambás como Pindobuçu, Coaquira, Jagoanharó, Cunhambebe, Araraí e Parabuçu. Aymberê propôs que a chefia fosse entregue a Cunhambebe, que vivia com sua tribo na região de Angra dos Reis e era o mais experiente e feroz inimigo dos peros.
Quando Afonso Sardinha, morador da vila de S. Paulo tratou no seu testemunho do voluntário cativeiro, em que o Padre José de Anchieta se foi meter para fazer as pazes com os contrários, diz assim: Ensinava ao nativo a doutrina e fé Católica, e depois de fazer a doutrina, tomava seu Breviário e se ia pelos matos a rezar, e rezando lhe vinha um passarinho muito formoso, pintado de várias cores, andar por riba de seus ombros e por riba do livro e seus braços. [Página 44]
Durante este tempo em que passou entre os gentios, compôs o "Poema à Virgem". Segundo uma tradição, teria escrito nas areias da praia e memorizado o poema, e apenas mais tarde, em São Vicente, o teria trasladado para o papel. Ainda segundo a tradição, foi também durante o cativeiro que Anchieta teria em tese "levitado" entre os indígenas, os quais, imbuídos de grande pavor, pensavam tratar-se de um feiticeiro.
Ao longo da vida, Anchieta ficou conhecido por sua característica de conciliador. Exerceu papel fundamental durante o conflito entre índios tamoios (ou tupinambás) e tupiniquins, chamado de Confederação dos Tamoios, que, segundo Carla, ocorreu entre 1563 e 1564.
Na época, os tamoios, apoiados pelos franceses, se rebelaram contra os tupiniquins, que recebiam suporte dos portugueses. Para apaziguar os ânimos, Anchieta se ofereceu para ficar de refém dos tamoios na aldeia de Iperoig (onde atualmente fica Ubatuba, no litoral norte de SP), enquanto outro jesuíta, o padre Manoel da Nóbrega, seguiu para o litoral paulista para negociar a paz.
Enquanto esteve "preso", a devoção de Anchieta à Virgem Maria o fez escrever na areia da praia a obra "Poema à Virgem", com quase 5 mil versos. A imagem desse momento foi retratada séculos depois pelo artista Benedito Calixto, no quadro que leva o mesmo nome da obra literária e está exposto atualmente no Museu Anchieta.
Partiram de São Vicente em 18 de abril de 1563, e alcançaram a região de Iperoig (atual Ubatuba) em 6 de maio. Reuniram-se com os principais líderes indígenas, como Cunhambebe (filho) e Pindobuçu. Nóbrega acompanhou Cunhambebe até São Vicente, onde o líder tamoio iria negociar com os portugueses e tupiniquins, enquanto Anchieta ficou em Iperoig como refém dos tamoios. Durante esse período como refém, Anchieta compôs, na areia da praia, seu célebre poema em latim em honra à Virgem Maria, o "Poema da Virgem". Após meses de negociações, o tratado foi celebrado em 1563.
Esse conflito levou os colonizadores a tentarem a diplomacia com os tamoios, visto que ainda não tinham a capacidade de eliminá-los. O resultado foi o curto Armistício de Ipeirog, em setembro de 1563, interrompido pela chegada das tropas de Estácio de Sá, vindas de Salvador em 1564. O jovem comandante estava a caminho da Baía de Guanabara para combater os franceses e, ao parar em São Paulo de Piratininga para abastecer suas tropas, a Câmara paulista o informou que só o ajudaria caso usasse sua armada para combater os tamoios da região. Sem muita escolha, Estácio de Sá atendeu aos pedidos dos camaristas e, no ano seguinte, partiu para sua missão de fundar o Rio de Janeiro na região da Baía de Guanabara.
