Esse conflito levou os colonizadores a tentarem a diplomacia com os tamoios, visto que ainda não tinham a capacidade de eliminá-los. O resultado foi o curto Armistício de Ipeirog, em setembro de 1563, interrompido pela chegada das tropas de Estácio de Sá, vindas de Salvador em 1564. O jovem comandante estava a caminho da Baía de Guanabara para combater os franceses e, ao parar em São Paulo de Piratininga para abastecer suas tropas, a Câmara paulista o informou que só o ajudaria caso usasse sua armada para combater os tamoios da região. Sem muita escolha, Estácio de Sá atendeu aos pedidos dos camaristas e, no ano seguinte, partiu para sua missão de fundar o Rio de Janeiro na região da Baía de Guanabara.
Em maio de 1564, os oficiais da câmara redigiram uma carta a Estácio de Sá, capitão-mor da armada do rei, estacionada em São Vicente, reclamando sua ajuda para enfrentar os índios tamoios que ameaçavam a vila. Falavam da importância de São Paulo, seja para a criação de gado e o abastecimento de São Vicente, seja pelo papel do mosteiro de São Paulo, da Companhia, e seu trabalho missioneiro. Ressaltavam que a capitania de São Vicente estava na fronteira, “entre duas gerações de gente de várias qualidades e forças que há em toda a costa do Brasil como são os tamoios e tupiniquins”, e que era constantemente ameaçada e cercada por inimigos. Lembravam com pesar a morte de homens brancos que haviam perecido no sertão, como Francisco de Serzedo e João Fernandes. Por fim, constava um alerta com tom de ameaça: se não fossem socorridos, abandonariam a vila. A ameaça não foi, como sabemos, verdadeiramente cumprida, e os moradores não só reagiram como, mais tarde, partiram para a ofensiva.
