Em 1575, o então governador da capitania do Rio de Janeiro, Antônio Salema, reuniu um exército português apoiado por uma tropa de índios catequizados, com o objetivo de exterminar o domínio franco-tamoio que já durava vinte anos no litoral norte da capitania. Temendo perder seus territórios, os índios tamoios, ainda aliados aos franceses, foram praticamente dizimados por conta da insurreição denominada "Guerra de Cabo Frio".
As tropas vencedoras exterminaram aproximadamente 500 indígenas, escravizando outros 1 500. Foram condenados à forca dois franceses, um inglês e o pajé tupinambá. Não obstante, as tropas adentraram o sertão incendiando aldeias e matando outros milhares de tamoios. A Guerra de Cabo Frio resultou na completa expulsão dos franceses da região.
No entanto, outros piratas europeus, principalmente ingleses e holandeses, continuaram a piratear o pau-brasil, causando mortes que se provaram inúteis, uma vez que a ausência de colonização no litoral fluminense continuou a proporcionar lucro aos corsários europeus. Não houve interesse da metrópole em colonizar a região do Cabo Frio após este massacre, entretanto os colonizadores decidiram povoar o Recôncavo Fluminense (região em torno da Baía de Guanabara). Começaram a se fixar às margens dos grandes rios da região, em especial os rios Iguaçu, Meriti, Sarapuí, Saracuruna, Jaguaré, Pilar, Marapicu, Jacutinga, Mantiqueira e Inhomirim.
Ainda em 1575, o capitão-mor Belchior Azeredo construiu uma ermida em louvor a Santo Antônio, no sopé de uma colina a 750 metros da maior curva do Rio Santo Antônio, atual Rio Sarapuí, em terras jacutingas.
A construção, erguida em taipa, foi determinante para que Belchior Azeredo conquistasse as terras dos índios jacutingas em forma de sesmaria, através do governador Cristóvão de Barros, batizando-as como Engenho Santo Antônio da Aldeia dos Jacutingas.
