Na vereança de 5 de dezembro de 1593, a Câmara de S. Paulo convocou os homens bons da vila e perante eles se leram as cartas (Vol. 1º, pág. 476) dessas duas Câmaras que entendiam “não dever se fazer tal guerra porque o gentio não nos dava opressão”. As Câmaras do litoral estavam longe, e só temiam os ataques dos piratas ingleses.
A Câmara de S. Paulo, para justificar a sua reclamação, fez vir alguns dos moradores da vila – Belchior Carneiro, Gregório Ramalho, filho de Vitorino Ramalho, e neto de João Ramalho, Manuel, índio cristão de S. Miguel, irmão de Fernão de Sousa, Gonçalo Camacho – que tinham feito parte da Companhia de Antônio de Macedo e de Domingos Luis Grou, restos da expedição, a fim de juramentados sobre um livro dos Santos Evangelhos, declarassem o que se passou com o gentio de Bongi que havia assaltado e desbaratado a Companhia de Macedo e de Grou.
Disseram eles que os "índios de Mongi, pelo rio abaixo de Anhembi, junto de um outro rio de Jaguari, esperaram toda a entrada, e foram dando, matando, desbaratando a uns e outros. Nesse transe “foram mortos Manuel Francisco, o francês Guilherme Navarro, e Diogo Dias; Francisco Correia, Gaspar Dias e João de Sales levaram um tiro; um moço branco cunhado de Pero Guedes, ou de sua casa, e Gabriel da Pena também foram mortos, fora Tamarutaca, do qual não havia notícia".
“Levaram cativas muitas pessoas e muita gente tupinaem, e apregoavam nova guerra por novos caminhos para novos ataques e depredações”, razão pela qual era necessário ir fazer-lhes a guerra e com toda a brevidade.
Era a confirmação dos ataques e assaltos mencionados na vereança de 17 de março de 1590. Em vista disso foi requerida a presença do Capitão Jorge Correia, que, vindo, ouviu a leitura das cartas escritas pelas Câmaras litorâneas, a refutação a elas pelos sobreviventes da Companhia de Macedo e de Grou, e os protestos da Câmara, que o responsabilizavam perante Deus, Sua Majestade e o senhor da terra, por todos os males que caíssem sobre a vila, visto estarem todos prontos com suas armas e sua gente a acompanhá-lo ao sertão.
Jorge Correia ainda procurou contemporizar dizendo ser necessário pedir socorro ao Rio de Janeiro, falou ainda nos perigos dos inimigos piratas que vinham por mar, a que primeiro se devia acudir, sendo talvez insuficiente a gente da capitania para as duas guerras.
Mas a Câmara insistiu declarando que “bastava a gente da capitania para a guerra do sertão contra o gentio de Bongi, que estava já entre mãos, e que se acudisse também ao mar e se lhe desse também o remédio possível e com a mesma gente do mar, pois que para tudo havia gente”.
O Capitão Jorge Correia prometeu que tudo proveria como era sua obrigação e que todos estivessem prestes para o seguir e o acompanhar (Atas – vol. 1º, págs. 477, 478 e 479). Entretanto os embargos opostos pela Câmara da vila de S. Paulo à provisão do capitão-mor e ouvidor da Capitania de S. Vicente, que ordenava a entrega aos padres da Companhia de Jesus das aldeias de índios, foram levados ao Governador-Geral na cidade do Salvador, na Bahia, por Atanázio da Motta e iriam lá encontrar favorável acolhimento por motivos que serão adiante explicados. Tais embargos não foram, porém, registrados nos livros da Câmara de S. Paulo, nem nos da sede da capitania, mas ainda que nesta...
No início de 1590, Domingos Luís Grou une-se ao sertanista Antônio de Macedo (filho de João Ramalho e uma nativa) e formam uma nova expedição com 50 homens. Descem o Rio Anhembi (hoje Rio Tietê) sobem o Rio Grande (hoje Rio Paraná), ganham o Rio São Francisco, infletem para o Oeste e começam a grande penetração do vasto e desconhecido sertão do Interior do Brasil à procura da Lagoa Paraupava.
Esquadrinham todo esse território e ao hoje Rio Araguaia dão o nome de Rio Paraupava, por se crer que nascia na Lagoa Paraupava, e nele acham a grande área arqueológica dos desenhos esculpidos nas rochas (gravuras rupestres ou as ítacoatiaras dos nativos), à qual dão o nome de Martírios. Dos Martírios penetram no sertão à esquerda do Rio Paraupava, encontrando ouro na região da hoje Serra Pelada, mas impossível de ser explorado devido à resistência dos nativos Bilreiros (hoje nativos Caiapós).
A expedição de Grou-Macedo fica quatro anos no sertão do Paraupava, sendo dada por perdida na Vila de São Paulo, onde reaparece no dia 5 de dezembro de 1593, mas com a falta de muitos sertanistas, mortos no sertão, inclusive os seus dois chefes, além do francês Guilherme Navarro.
Em 1590, de acordo com a Câmara municipal, "se juntaram todas as aldeias do sertão desta Capitania" para rechaçar a presença européia na região. Naquela ocasião, uma força aliada de Guianá e Tupiniquim assolou uma expedição de 50 homens, sob a liderança de Domingos Luis Grou e Antonio de Macedo, nas proximidades da futura vila de Mogi das Cruzes. Dando sequência a esta vitória, os aliados nativos lançaram novos ataques aos sítios portugueses localizados ao longo do rio Pinheiros e, com o apoio dos residentes do aldeamento de Pinheiros, fizeram uma rebelião surpreendente contra o controle europeu da região. Da mesma forma, um ano depois, a oeste da vila, no local denominado Parnaíba, os nativos aniquilaram outra expedição escravista no rio Tietê.
Um dado importante sobre os Ybirayara é fornecido pelos jesuítas Thomas Filds e Manoel Ortega, que no ano de 1590 realizaram missões itinerantes nas cidades espanholas de Villa Rica e Ciudad Real. De acordo com esses religiosos, uma peste assolou as populações indígenas que habitavam os arredores dessas cidades. Entre as populações atingidas, estavam os Ybirayara, outrora amigos dos espanhóis, conforme os religiosos da Companhia de Jesus. Se converteram em inimigos ferozes dos mesmos, sendo suas parcialidades calculadas em 10 mil índios de guerra.
