Após a expedição de Grou-Macedo teve início, na vila de São Paulo, um imenso movimento de expedições em direção ao Sertão do Paraupava, o que é natural, considerando as notícias que foram trazidas à existência de ouro à esquerda dos Martírios, na hoje região de Serra Pelada, dominada pelos ferozes e guerreiros Bilreiros (hoje Caiapós). Houve até tentativa de famílias de São Paulo mudarem-se para lá, o que não se efetivou devido à belicosidade desses nativos.
Mas, após a expedição de Grou-Macedo (1590-1593), e até 1618, portanto durante 24 anos, dez expedições se dirigiram ao Sertão do Paraupava, explorando-o intensamente, chegando à conclusão de que a célebre Lagoa Paraupava não existia, era um mito nativo, e que os rios Paraguai, São Francisco e Paraupava (hoje Araguaia) não nasciam em lagoa alguma, tendo os três suas nascentes independentes entre sí.
As primeiras notícias que se tem da região onde fica Batatais são do final do século XVI. Entre 1594 e 1599, os “Afonso Sardinha” – tanto o pai como o filho – e João do Prado alcançaram as margens do Rio Jeticaí, hoje Rio Grande. Nessa marcha, provavelmente atravessaram a “Paragem dos Batatais”, então habitada pelos índios caiapós.
Existem pelo menos quatro versões históricas para o significado do nome Batatais. A versão mais aceita é baseada em relatos da época e está ligada a atividade agrícola dos habitantes naturais da região. Os primeiros bandeirantes teriam encontrado por aqui extensas plantações de batatas roxas.
Outra versão seria a que havia índios na região e Batatais deriva de BAITATA, que segundo alguns pesquisadores locais significam em tupi “rio cascateante entre pedras”, referencia às nossas belezas naturais. Acredita-se também que outra origem viesse do tupi MBOITATA – cobra de fogo, que na crença dos índios, era o gênio que protegia os campos contra os incêndios.
Estudos recentes de um historiador local, atenta para mais uma possível hipótese: Batatais ou Batatal era uma expressão usada pelos minerados antigos que designavam o local onde se achava ouro de superfície. Como esta região fazia parte do caminho para Goiás, há a possibilidade que a cidade servia de pouso para esses viajantes.