A informação corrente entre os historiadores é que o governador Francisco de Souza fora, efetivamente, atraído a São Paulo em função de certas notícias do ouro descoberto pelos Sardinha. Entretanto, Carvalho Franco sugere que o verdadeiro imã teria surgido de algumas amostras levadas por um mameluco que, desdobrado de uma entrada liderada pelo capitão-mor João Pereira Botafogo, chegara até a Bahia. Versão também difundida por Piso e Marcgrave, quando divulgaram os relatos de Willem Von Glimmer, mineiro flamengo inserido na bandeira de Botafogo. [p.118]
Foi capitão-mor da capitania de São Vicente através de uma nomeação do governador D. Francisco de Sousa e, em 1596, levou uma bandeira ao sertão do rio Paraíba (confusão...?). Depoimentos diz que fez uma entrada no sertão entre 1593-4. Teve pelo menos outras filhas: Maria de Sousa Coutinho e Maria de Sousa Brito.
Não se pode afirmar com segurança o dia exato da partida da bandeira; mas foi depois de 5 de outubro de 1596, porque, nessa data, Francisco da Gama, que nela tomou parte, ainda estava em S. Paulo e,nessa data, passou um documento a João Fernandes, em que declarou ter dele recebido “dez cruzados emprestados de amor em graça os quais prometeu pagar em dinheiro de contado ou em uma peça (do gentio)pelo que valer nesta guerra em que ora vamos com o Sr. João Pereira de Sousa, como capitão” (Inv. e Test. vol. 1º, pág. 351).Esse documento de dívida, que é cobrado judicialmente, prova que a bandeira a 5 de outubro de 1596 ainda estava em S. Paulo, ma sem preparativos para a partida.Qual o sertão em que foi feita essa entrada?A provisão de D. Francisco de Sousa, que armou cavaleiro Sebastião de Freitas, declarou que este acompanhou Jorge Correia, Manuel Soeiro e João Pereira de Sousa a fazer guerra ao gentio que, em ataque,tinha vindo contra a vila de S. Paulo (vide provisão).
