"...excomulgacion y censuras contra los portugueses que acometen a las reduciones de los nativos..." Este é o cabeçalho de um documento de fevereiro de 1638, assinado pelo padre Diego de Alfaro, da Companhia de Jesus, superior das reduções jesuíticas pertencentes ao Paraguai e comissário do Santo Ofício da Inquisição, que adverte "o capitão André Fernandes, Baltazar Fernandes, o capitão fulano Pedroso,o capitão Domingos Álvares e fulano Prieto y otros muchos portugueses y castelhanos, que estão aprisionando nativos cristãos - homens, mulheres, crianças e velhos - destruindo suas cabanas, sua alimentação e até matando-os. Invadem as igrejas e furtam os bens eclesiásticos".
Esse documento, cujo original se encontra na Biblioteca Nacional, foi entregue, na Redução da Candelária, pelos padres Pedro Romero e Juan Batista Hornos, notário apostólico, aos sertanistas Francisco Paiva e Antonio Pedroso, que se negaram a recebê-lo. Nesse momento, o padre Alfaro procedeu a leitura do documento em voz alta e inteligível, como relato o historiador Aurélio Porto, ordenando os sertanistas para que dentro de 24 horas saíssem do território do bispado da Prata e restituíssem os nativos maiores e menores, homens e mulheres que têm cativos, sob pena de excomunhão. Os sertanistas Paiva e Pedroso destruíram as citações, o que levou o padre Alfaro a confirmar a excomunhão.Mas vez compareceram os jesuítas ao acampamento dos sertanistas, anunciando a sua excomunhão, com o que não se preocuparam os paulistas, alegando que iriam recorrer.
Embora citados, no documento de excomunhão, André e Baltazar não se encontravam no local (Candelária). Já tinham iniciado a volta para São Paulo, trazendo grande número de nativos cativos.
Esse episódio é o único que estabelece uma relação entre Baltazar Fernandes e o padre Diego de Alfaro, advindo daí, talvez, o boato de que teria sido ele o matador do padre. Como se vê, esse fato ocorreu, em fevereiro de 1638, e o padre viria a morrer em combate em janeiro de 1639, 11 meses depois, algumas centenas de quilômetros distante dali.
A ausência de André e Baltazar Fernandes, em Candelária, onde fora lido o documento de excomunhão, é explicado por Aurélio Porto, na sua "História das Missões Orientais do Uruguai":
"Terminada a ocupação de Santa Tereza, mandou o caudilho André Fernandes, que um destacamento de 30 a 40 paulistas, apoiado por mais de 1.000 tupis e nativos amigos fossem assolar as reduções do Ijuí. Esse grupo, parece, teria por comandantes os sertanistas capitães Francisco de Paiva e Antonio Pedroso, se bem que outros paulistas de escol dele fizessem parte".
Efetivamente, foram esses dois bandeirantes, Paiva e Pedroso que, segundo documentação jesuítica, receberam a notícia de excomunhão das mãos dos jesuítas. [Páginas 118 e 119]
