1° fonte: “Baltazar Fernandes: Culpado ou Inocente?”. Sérgio Coelho de Oliveira, jornalista e historiador
Embora citados, no documento de excomunhão, André e Baltazar não se encontravam no local (Candelária). Já tinham iniciado a volta para São Paulo, trazendo grande número de nativos cativos.

Esse episódio é o único que estabelece uma relação entre Baltazar Fernandes e o padre Diego de Alfaro, advindo daí, talvez, o boato de que teria sido ele o matador do padre. Como se vê, esse fato ocorreu, em fevereiro de 1638, e o padre viria a morrer em combate em janeiro de 1639, 11 meses depois, algumas centenas de quilômetros distante dali.

A ausência de André e Baltazar Fernandes, em Candelária, onde fora lido o documento de excomunhão, é explicado por Aurélio Porto, na sua "História das Missões Orientais do Uruguai":

"Terminada a ocupação de Santa Tereza, mandou o caudilho André Fernandes, que um destacamento de 30 a 40 paulistas, apoiado por mais de 1.000 tupis e nativos amigos fossem assolar as reduções do Ijuí. Esse grupo, parece, teria por comandantes os sertanistas capitães Francisco de Paiva e Antonio Pedroso, se bem que outros paulistas de escol dele fizessem parte".

Efetivamente, foram esses dois bandeirantes, Paiva e Pedroso que, segundo documentação jesuítica, receberam a notícia de excomunhão das mãos dos jesuítas. [Páginas 118 e 119]

1° fonte: Novos elementos para a história de São Paulo Paulistas cristãos-novos contra os jesuítas - Anita Novinsky Universidade de São Paulo; Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas
Para o entendimento do conflito bandeirantes x jesuítas deve-se considerar, além dos interesses materiais e antagonismos religiosos, uma outra questão: o confronto de duas mentalidades, essencialmente antagônicas, a dos jesuítas – conservadora,elitista e dogmática – e a dos bandeirantes – aventureira, livre e descrente –, uma representando os interesses territoriais e econômicos dos reis da Espanha, outra reivindicando uma autonomia territorial e uma liberdade religiosa.

No confronto com os jesuítas no Guaíra, Itatim, Tape, Paraná e outras reduções, os portugueses se levantaram contra o opressor, pois os jesuítas estavam ligados à Inquisição de Lima. Quando os bandeirantes mataram o comissário da Inquisição de Lima, Diogo de Alfaro, ocabido de Assunción, indignado, escreve ao vice-rei do Peru sobre o crime dos portugueses, que impiedosamente assassinaram o comissário da Inquisição, e pede ao governador do Paraguai que castigue os criminosos (7). A atitude dos bandeirantes levantou uma onda de protestos, a ponto de o procurador geral da Companhia de Jesus das Províncias escrever ao rei da Espanha, Felipe IV, também rogando por justiça e remédio contra “los crimes de los portugueses em Brasil” [Carta XXXVI – “Petição do Padre Antonio Ruiz de Montoia a Felipe IV, pedindo remédio contra as invasões e danos causados pelos portugueses do Brasil nas Reduções do Paraná e Uruguai”, Madrid, 1639, in Jaime Cortesão, Jesuítas e Bandeirantes no Tape, op. cit], todos “infeccionados de judaísmo”.

2° fonte: Tribulações do povo de Israel na São Paulo Colonial, 2006. Marcelo Meira Amaral Bogaciovas. Dissertação apresentada ao Programa de Pós-Graduação em História Social, do Departamento de História da Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas da Universidade de São Paulo, para obtenção do título de Mestre em História Social. Orientador: Profa. Dra. Anita Novinsky
Igual destemor ao Santo Ofício da Inquisição se repetiu, tempos depois, em uma bandeira comandada pelo bandeirante André Fernandes, fundador da vila de Santana de Parnaíba, tendo ainda por capitães Francisco de Paiva, fulano Pedroso, Domingos Álvares e Baltazar Fernandes, fundador da vila de Sorocaba e irmão de André Fernandes.

Os paulistas foram responsabilizados pela morte do Padre Diogo de Alfaro, comissário do Santo Ofício, juiz comissário contra os portugueses, reitor do Colégio de Assunção do Paraguai e superior de todas as reduções indígenas, no ano de 1639. Ele havia sido enviado pela Inquisição de Lima para investigar o comportamento dos “rebeldes” paulistas e excomungar os desobedientes.

3° fonte: “Baltazar Fernandes: Culpado ou Inocente?”. Sérgio Coelho de Oliveira, jornalista e historiador
Nas questões políticas, como representante de Santa Ana de Parnaíba e líder de sua comunidade, está sempre na vanguarda dos acontecimentos a qualquer preço. Por ter participado, em 1640, juntamente com outras lideranças paulistas, do episódio da expulsão dos jesuítas de São Paulo, foi castigado pela Igreja, sofrendo a pena de excomunhão. Os paulistas justificavam a decisão, diante do fato dos padres terem extrapolado as suas funções, indo além do poder espiritual, interferindo nas questões políticas do povoado. Pesou, principalmente, na decisão dos paulistas, a publicação da bula do Papa Urbano VIII, que proibiu a escravização dos nativos, uma causa defendida pelos jesuítas. Em 1647, esclarecidos os fatos, um alvará régio suspendeu a pena de excomunhão. Em 1652, Baltazar está em São Vicente, como representante de Parnaíba, participando do movimento pela volta dos jesuítas expulsos. [Página 44]

Após a destruição da redução de Santa Tereza, Baltazar e André retornam, em novembro de 1639, a São Paulo, ocasião em que já está a caminho da expedição de Fernão Dias Paes e do seu irmão, Pascoal Leite Paes, que vai atacar as reduções dos Apóstolos (Caaçapaguassu), quando, pela primeira vez, os paulistas são derrotados. É nesse combate, que morre o padre, atingido por um tiro no olho.

As suspeitas apontam para Paschoal Leite Paes

As suspeitas apontam o sertanista Paschoal Leite Paes, irmão de Fernão Dias Paes (Leme), o governador das esmeraldas, como o responsável pela morte do padre Alfaro, durante o combate de Caazapaguassu. Não há documento que afirme, taxativamente, que foi ele quem deu o tiro fatal. Mas, está documentado que Paschoal era o chefe (cabo) da expedição de Caazapaguassu, como também está documentado que foi o chefe da expedição em questão, que acertou o padre. Essas informações estão claras e fazem parte das narrativas dos principais historiadores brasileiros, que trataram do assunto. Confirmando esses fatos, Sorocaba continua fazendo parte da história da morte do padre Diego de Alfaro. Ao lado de Baltazar Fernandes, Pascoal foi o primeiro juiz de Sorocaba, eleito em 3 de março de 1661.

Aluísio de Almeida em seu livro "História de Sorocaba", editado em 1969, ao fazer identificação de cada um dos integrantes da primeira Câmara de Sorocaba, comenta:

"Pascoal Leite Paes, de identificação difícil, porque não podia ser o irmão de Fernão Dias Paes Leme, e logo morreu em Parnaíba".

Em outro livro, "Sorocaba, 3 séculos de História" publicação póstuma do mesmo autor, a informação é totalmente contrária. Observem:

"Pascoal Leite Paes, um dos primeiros vereadores (sic) nomeados, foi velho sertanista a descansar em sua fazenda possivelmente dos lados do Apotribu. Irmão do grande Governador das Esmeraldas, com quem esteve na derrota de 1630, em Caaçapaguaçu, foi prisioneiro no Prata. Voltando alguns anos depois, este grande homem ajudou a nascer Sorocaba, findando-se em sua fazenda, em 1664".

Informações equivocadas à parte (Pascoal foi juiz e não vereador, a derrota foi em 1639), a informação do historiador sorocabano confirma que Pascoal Leite Paes, primeiro juiz de Sorocaba, irmão de Fernão Dias Paes, esteve em Caazapaguassu e foi mantido preso no Prata. Só não afirmou que foi ele quem atirou no padre. [Páginas 115, 116 e 117]

1° fonte: Novos elementos para a história de São Paulo Paulistas cristãos-novos contra os jesuítas - Anita Novinsky Universidade de São Paulo; Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas
Sofreu grande revés em Caazapamirim no final de 1638 e retornou a São Paulo. Chegou à vila em março de 1639, doente e abandonado por seus índios, apenas com a gente de seu filho Jorge Fernandes. Em 19 de abril de 1641, já restabelecido, assinou procuração dos moradores de Parnaíba ao capitão Antônio Raposo Tavares para os representar junto ao Rei.[Novos elementos para a história de - Portal de Revistas da USP]