Provas mais contundentes contra ele vinham de outro caso. Ainda em 1658, já de volta ao Rio de Janeiro Pedro de Sousa Pereira e Thomé Correia de Alvarenga foram denunciados pela morte de Francisco da Costa Barros.49 [Páginas 83, 84, 85 e 86]

A vítima em questão era um homem de prestígio casado com Isabel Mariz descendente de conquistadores da Guanabara.50 Proprietário do ofício de escrivão da Provedoria, tinha ocupado igualmente o cargo de provedor da Fazenda como serventuário, possuía um engenho de açúcar em Guapimirim e havia sido procurador da Câmara na corte em 1655. É de se imaginar que ele e Pedro de Sousa se conheciam portanto de longa data, visto a coincidência no tempo em que ambos serviram na mesma Provedoria.51

Em 28 de abril de 1658 numa noite que estava rumo à sua casa foi morto com tiros de espingarda. Thomé de Alvarenga e Pedro de Sousa, parecem ter tido motivos substanciais para essa ação. De acordo com Luciano Figueiredo, Francisco Barros tentava junto ao Governo-geral iniciar devassas contra a administração municipal no Rio de Janeiro era controlada pela facção Correia/Sá. Naquele ano enquanto Pedro de Sousa estava de volta à frente da Provedoria e seu cunhado era o governador da capitania substituindo d. Luís de Almeida Portugal [DHBNRJ, vol. 4, pp. 317-318, 22 de agosto de 1657].53

Quando a notícia do assassinato chegou em Salvador, o governador-geral,Francisco da Costa Barreto, escreveu ao ouvidor da Repartição Sul preocupado com as aquietações que rodavam a capitania do Rio de Janeiro. Em especial a necessidade de devassa contra os culpados e “se possa proceder contra eles” a justiça régia [DHBNRJ, vol. 5, pp. 112-113, 09 de abril de 1659] [3553]