Mendonça Corte-Real casou em outubro de 1718 com D. Teresa de Bourbon, que era viúva de Álvaro da Silveira e Albuquerque, coronel do regimento de Cascais e governador da província do Rio de Janeiro. A sua primeira filha, D. Joaquina de Bourbon, foi batizada pelo próprio cardeal patriarca D. Tomás de Almeida, e o seu primeiro filho, João Pedro de Mendonça Corte Real, teve por padrinho D. João V. O faustoso monarca concedeu muitas honras ao afilhado e a seu pai.