1° fonte: Revista do Instituto Histórico e Geográfico de São Paulo. Volume LXVI
Quando da expulsão dos jesuitas, em 1759, o governo português tomou posse de todos os bens da Ordem e, consequentemente do edifício que, mais tarde seria ocupado pelo Morgado de Mateus, quando veio governar a restabelecida Capitania. Houve o governador que reformar o prédio, abandonado pelo período de sete anos, a fim de transformá- lo em Palácio do Governo

Restando intacta apenas a parte externa, quanto à forma, passando a igreja a servir de capela provincial por cento e vinte e quatro anos, isto é, até 1890. De 1834 a 1881 a igreja estava, ainda, localizada à esquerda do edifício, com o qual se comunicava por janelas e tribunas internas.

Em 1881 foi esta ala demolida, por ordem do presidente da província, o senador Florêncio de Abreu, ficando o espaço que ocupava fazendo parte integrante do jardim. Iniciada a demolição daquelas grossas paredes, tantos foram os atritos e choques produzidos pelas quedas, que deu em resultado fender- se o arco cruzeiro da igreja.

Limpo o solo e ao iniciarem a construção dos alicerces do palácio que no local seria erguido, foi encontrado um enorme buraco, que servira de depósito de detritos e, entre eles, uma lápide em forma de pirâmide de faces irregulares, tendo a base aperfeiçoada e abaixo dela estava a sepultura de Afonso Sardinha.