Assumiu a diretoria dessa ferrovia em 15 de maio de 1880, sucedendo Luís Mateus Maylasky que fora demitido e acusou seu predecessor de gestão ilegal. Mayrink, convencido que o sucesso da ferrovia estava condicionado ao transporte do café, expande seus trilhos na direção de Botucatu, para atingir regiões cafeeiras indo até a cidade de Assis, onde também se localizavam as oficinas da ferrovia. Incorporou a Estrada de Ferro Ituana.