Numerosas aldeias jesuíticas foram criadas na região sertaneja, respaldadas pelos Colégios da Bahia e de Pernambuco. As relações entre Colégios e Missões eram tensas, pois os primeiros pensavam privilegiar os "descimentos", enquanto as missões defendiam os "aldeamentos". Eram sistemas distintos. A disputa entre Garcia d´Avila, senhor da Casa da Torre, que em 1669 destruiu residências e aldeias no sertão e o padre Jacob Roland, missionário jesuíta entre os tapuias, ilustra bem a tensão.