pelo alvará de 13 de julho de 1807, foi nomeado superintendente do rio Mondego e Obras Públicas de Coimbra. Mas pouco ou nada pôde levar a cabo, pois tinha de enfrentar a rotina portuguesa, em resistência "ora passiva a qualquer esforço renovador, ora ativa, insidiosa, mal dissimulando sentimentos subalternos de inveja ou despeito". Lutou em vão contra o desleixo da administração pública e não lhe facultaram jamais os recursos indispensáveis ao trabalho. Não desejou a cátedra e não se sentia com dons de professor. E, em Coimbra, a reforma do Marquês de Pombal "não passara afinal de bons propósitos", segundo Octávio Tarquínio de Sousa, pois a universidade não possuía museu científico. Escreveu carta em 1806 ao conde de Linhares em que dizia: "Estou doente, aflito e cansado e não posso com tantos dissabores e desleixos. Logo que acabe meu tempo em Coimbra e obtenha a minha jubilação, vou deitar-me aos pés de S. A. R. para que me deixe acabar o resto dos meus cansados dias nos sertões do Brasil, a cultivar o que é meu".