Assim sendo, à irmandade não restou senão apelar à Coroa, baseando seu recurso no artigo 1º do Decreto nº 1911 de 28 de março de 1857, onde se disciplinavam os casos de usurpação do poder temporal e violência no exercício do poder espiritual. Intensamente pressionado pelos maçons, e temendo o governo que isso desandasse levando consigo o gabinete conservador, o recurso foi aceito e encaminhado ao presidente da província, dr. Henrique Pereira de Lucena, que interpelou o bispo e pediu-lhe explicações. Dom Vital não se retratou, mas em sua defesa alegou 1º - que o beneplácito imperial - que autorizava o funcionamento da maçonaria no Brasil repelindo a condenação da Igreja - era doutrina condenada por Roma; 2º - mesmo se fosse doutrina aceita, não cobriria o período em que foram publicadas as bulas In Eminenti (1738), de Clemente XII, e Provida Romanorum Pontificum (1751), de Bento XIV, reconhecidas em todo o reino de Portugal e suas colônias quando ali o beneplácito estava suspenso, e 3º - porque mesmo os defensores do beneplácito reconheciam que este não se aplicava a censuras e penas eclesiásticas. O Estado não poderia aceitar nem a primeira nem a terceira das razões - a terceira pelo motivo de que as irmandades tinham amparo na lei secular - embora se discutisse ao longo de toda a questão religiosa a procedência da segunda. Ouvido o procurador da Coroa, este julgou que o bispo exorbitara de suas atribuições, invadindo a jurisdição do juiz de capelas, e encaminhou o caso ao Conselho de Estado. Antes de o Conselho emitir seu parecer, entrou em cena outro personagem principal, o bispo do Pará, Dom Macedo Costa.