Apesar desses sucessos, a pirataria continuou desenfreada nas Índias Ocidentais, e John Adams fazia parte de um forte Esquadrão das Índias Ocidentais criado em 1821 para lidar com o problema. Os navios de Nicholas Biddle trabalhavam com zelo; mas a tarefa, envolvendo buscas cuidadosas por expedições de pequenos barcos em inúmeras baías, lagoas e enseadas, parecia interminável. A febre amarela teve um tributo muito mais pesado do que o inimigo, necessitando de reforços, que chegaram em 3 de março de 1823, quando a "Frota de Mosquitos" do Comodoro David Porter ancorou ao largo de Saint Thomas. Porter, o novo comandante do esquadrão, escolheu John Adams como sua nau capitânia. Quando Porter foi chamado de volta, seu sucessor, o Comodoro Lewis Warrington manteve John Adams como sua nau capitânia até 1826.