Existem alguns relatos de que morreu tragicamente trucidado pelos índios gentios da região. Hernani Donato [1], historiador paulista afirma que o Capitão Apiaí foi morto pelos índios em 1853, e teve seu corpo crucificado em uma árvore perto da sua Fazenda Rio Claro (Achegas para História de Botucatu).

Donato também cita o "Relatório Urias". Os índios Caingangues muito ferozes, desenvolveram um estranho método de crucificar inimigos brancos, conforme consta no relatório "Urias Nogueira de Barros" ao imperador do Brasil. Segundo a tradição familiar, no entanto, Ignácio teria sido vítima de uma flecha ao fugir do cativeiro a que lhe submeteram os índios Ele teria olhos azuis muito bonitos e teria despertado a curiosidade dos índios [2]. Uma outra versão diz que o Capitão Apiaí teria castrado alguns indígenas e em represália os índios o mataram em uma emboscada e crucificaram seu corpo em uma árvore para ser visto por todos. O que é certo e que foi morto pelos índios e foi enterrado envolto em pano azul em frente a casa sede de sua Fazenda Rio Claro.

Depois de sua trágica morte, a viúva ficou com metade dos vastos terras e seus treze filhos herdaram a outra metade. Francisco Dias Batista herdou a Fazenda Cerrado, João Dias Batista a fazenda Rio Claro, Roberto Dias Batista herdou a Fazenda Rio Pardo e empregou sua fortuna na construção da Estrada Ferro Sorocabana. Pedro Dias Batista e Benjamin Dias Batista também herdaram vastas propriedades. Seus filhos Francisco Dias Batista e Pedro Dias Batista foram fundadores de Águas de Santa Bárbara em 20 de abril de 1868. Era trisavô paterno dos músicos Arnaldo Baptista e Sérgio Dias.

[1] "Achegas a História de Botucatu", Hernani Donato
[2] Cláudio Dias Batista - Enciclopédia