Em 3 de novembro de 1709, como consequência da Guerra dos Emboabas (1707-1709), que demonstrara a fragilidade do controle de Coroa Portuguesa sobre a região das recém-descobertas minas de ouro (visto que o governador da capitania de São Vicente residia na capitania do Rio de Janeiro — esta separada daquela em 1567), o ramo sul da antiga capitania de São Vicente, separada da do Rio de Janeiro, e a capitania de Santana foram fundidas e transformadas na Capitania de São Paulo e Minas do Ouro. A capitania recém-criada incorpora as seguintes vilas pré-existentes:

- Cananéia
- Curitiba
- Guaratinguetá
- Iguape
- Itanhaém
- Jundiaí
- Laguna
- Mariana
- Mogi das Cruzes
- Paranaguá
- Santos
- São Francisco do Sul
- São Paulo
- São Vicente
- Sorocaba
- Taubaté
- Ubatuba [0] Em 1709, como consequência da Guerra dos Emboabas, o território mineiro, então pertencente à Capitania de Itanhaém, foi juntado ao território da capitania de São Vicente, a qual foi extinta, sendo criada a Capitania de São Paulo e Minas de Ouro. Porém, a Capitania de Itanhaém continuou existindo por décadas ainda.