A posse da Capitania de São Vicente, com suas 80 léguas ao sul, foi, com a extinção dos herdeiros de Pero Lopes, reivindicada pelo Conde de Monsanto, que em 1624 obteve o reconhecimento como dono da Capitania, o que forçou a Condessa de Vimieiro a criar uma nova capitania, sob o nome de Nossa Senhora da Conçeição de Itanhaém, com jurisdição até 100 léguas ao litoral sul. Mais tarde, Dom Luís Carneiro, Conde da ilha do Príncipe, tendo se casado com uma Vimieiro, tornou-se dono da Capitania de Itanhaém e nomeou Diogo Vaz Escobar para tomar posse da vila de Paranaguá, aliando-se a Gabriel de Lara. Diogo Vaz Escobar foi um bom administrador de Paranaguá, demarcou divisas, nomeou um pároco, construiu uma cadeia. Em 1656, o Conde Monsanto, agora com o título de Marquês de Cascais, temeroso da expansão da Capitania de Itanhaém, criou em 1656 a Capitania de Nª Sra. do Rosário de Paranaguá, tendo como governador Gabriel de Lara. Não obstante, o Conde da ilha do Príncipe continuou a fazer pressão sobre o domínio da região de Cananéia, Iguape e Paranaguá, enviando Simão Dias de Moura para tomar posse em nome do Conde, ordenando a ocupação da baia de Guaratuba e criou a freguesia de Nossa Senhora da Luz e Bom Jesus do Perdão de Pinhais (Curitiba). Em 1659, o último episódio marcante da história de Paranaguá refere-se à tentativa de recrutamento de índios carijós para lutar na invasão da Bahia pelos holandeses, que foi bravamente oposta por Gabriel de Lara. Isto fez aumentar o prestígio de Gabriel de Lara, que foi assim confirmado pelo governador do Rio de Janeiro, Salvador Correa de Sá e Benevides como legítimo representante do marquês de Cascais, contra as pretensões do Conde da Ilha do Príncipe. A capitania de Paranaguá resistiu até 1709, quando foi comprada pela coroa portuguesa, passando então a fazer parte da Capitania de São Paulo Em 1723, com a chegada do Ouvidor Pardinho, foi criada a Ouvidoria de Paranaguá, com jurisdição até o Rio da Prata.