Em 1578, a 15 de Janeiro, foi assinado em Lisboa, "Contrato dos mosteiros novos" entre D. Pedro, prior do Mosteiro de Santa Cruz e geral da Congregação e o Rei Cardeal D. Henrique, representado pelo seu procurador Dr. Paulo Afonso, desembargador do Paço. Com o beneplácito da Santa Sé Apostólica, o Rei desistiu e largou em favor do prior geral, o direito de padroado real e de apresentação que tinha sobre os mosteiros ainda não reformados da ordem, por indulto de Gregório XIII, e sobre todos os que viessem a vagar no tempo, para serem reformados e incorporados na Congregação, ou sobre eles se decidisse o que melhor fosse entendido, reservando para si e seus sucessores "in perpetuum" uma pensão anual, estabelecida sobre o rendimento das mesas priorais e definida a partir da avaliação feita pelo licenciado Brás de Figueiredo de Castelo Branco, por comissão régia, a ser paga pelos mosteiros quando vagassem. A pensão régia, recebida em dinheiro, era arrecadada pelo Mosteiro de Santa Cruz junto dos mosteiros da Congregação, e destinava-se aos eclesiásticos em funções na Inquisição, na Mesa da Consciência e Ordens, no Conselho Real, ou com outros cargos de administração eclesiástica.