Os padres Manoel da Nóbrega e Anchieta (acompanhados de José Adorno) tiveram papel importante no conflito entre os Tupis e colonizadores portugueses. Sobretudo, por selar o Tratado de Paz de Iperoig (Ubatuba), em 1563. Mais tarde com a extinção do colégio dos Jesuítas (1585), os padres da Companhia de Jesus perderam a predominância e influência sobre a atividade religiosa. Viveu na região de Morrinhos, pelo século XVIII, o padre Antonio José Pinto (chamado Emboaba). Constituindo os primeiros passos do catolicismo na Ilha de Santo amaro.