Filho de Rui Barreto e de sua mulher Branca de Vilhena. Ao comando de uma pequena frota, partiu para a Índia Portuguesa em 1547 e, mais tarde, em 1552, foi enviado para Cochim a fim de controlar o comércio da pimenta que a guerra impedia de ser embarcada nas naus portuguesas. Em 16 de Junho de 1555 assumiu o cargo de 18. º governador da Índia, em substituição de D. Pedro Mascarenhas, entretanto falecido.