Esse relato do padre Antonio de Matos, em a História dos Colégios, citado pelo padre Hélio Abranches Viotti, pode ser confrontado com uma carta escrita pelo próprio padre Manuel da Nóbrega ao segundo Superior da Companhia de Jesus, Diego Lainez, em que se relatam outros motivos para a transferência do colégio:

A Capitania de S. Vicente, como digo, vai piorando, e cada vez mais as rendas de El-Rei valem menos; e por isso me parece que não há que falar nisso nada. Somente se podia pedir a Martim Afonso de Sousa sete ou oito léguas de terra para o Colégio de Piratininga; e as mais convenientes que me pareciam eram começando no porto que agora chamam Piratinim, junto de uma alagoa, pelo Rio Grande abaixo, à mão esquerda, sete ou oito léguas de comprido e outras tantas de largo.

E não é grande dada, porque é no sertão, onde não está dado a ninguém e servirá isto para quando em algum tempo aquilo se povoar, o que se espera, se a terra melhorar, porque é a melhor cousa que há no campo. E não tenha por muito Martim Afonso dar isto a um colégio, pois há homens particulares em São Vicente a quem se dá muito mais terra. E creio que se alguma cousa pode fazer que os moradores não despovoem aquela capitania será estar ali aquela casa. (“Páginas da história do Brasil”, 1937. Serafim Leite. Página 52)