Na confluência do ribeirão Guarda-Mor com o rio Guareí, em terras de propriedade de Elias Ayres do Amaral, os prussianos Philippe Jacob, João Momberg, Henrique Wietes e Gaspar Estanagel se instalaram, em 1827, com intenção de formar um povoado. No local, ergueram uma capela, em louvor a São João Batista, construíram um cemitério e diversas casas. Elias Ayres do Amaral não concordando, chegou, em sinal de protesto, a determinar a seus escravos a derrubada do cruzeiro erguido pelos posseiros. A demanda foi levada à justiça, que decidiu em favor dos colonos. Em 26 de abril de 1865, a Lei Imperial nº. 99, determinou a desapropriação das terras para a Capela de São João Batista de Guareí, instituída canonicamente em 9 de fevereiro de 1872. A economia de Guareí, fundamentada na agricultura e pecuária não foi suficiente para evitar o êxodo da população e sua extinção em julho de 1934. Dois anos depois, teve, no entanto, sua condição municipal reassegurada. O topônimo tem duas versões: no tupi guará-y, significa rio guará (o lobo brasileiro) e segundo Theodoro Sampaio, seria curruptela de guari-y, ou o rio dos macacos. Por tradição local o primeiro significado é o reconhecido.