Entre setembro e outubro, a empresa passou por sérios problemas financeiros; ocusto da construção da linha de S. Paulo à Fábrica de Ferro S.J. do Ypanema foi orçado em5.366:653$249, enquanto o custo de sua construção até Sorocaba foi de 8.654:566$226,sendo o capital realizado de 4 mil contos de réis. Já no primeiro número de outubro doYpanema, pediu-se que Maylasky deixasse a direção da Cia. Sorocabana. Havia problemascom o Deustch Brazilianisch Bank sobre empréstimos obscuros de Maylasky em nome daempresa e o suicídio de um de seus diretores, o Sr. Rick que, em uma carta noticiada no Riode Janeiro, envolvia-o nos motivos de seu suicídio junto com o empréstimo. O problema foisério;o Imperador, personagem máximo e obviamente indispensável ao “glorioso” acontecimento, evitou vir diretamente à cidade para a inauguração da ferrovia, para não se hospedar – como fazia parte do convite oficial da empresa – na casa de Maylasky. Ao que parece, D. Pedro II não queria envolver-se com a polêmica em torno do nome do “estrangeiro misterioso”. Havia dívidas ainda com os subempreiteiros das obras, aos quais Maylasky ofereceuletras emitidas por ele, pelo prazo de seis meses. E, como se não bastasse, o algodãoherbáceo, produto de exportação, para cujo transporte em grande quantidade a ferrovia foracriada primordialmente em 1875, entrou em decadência, como artigo relevante constantenas pautas de exportação108, conseqüentemente, transportado em pequena quantidade.