Com todas essas notícias, o Padre Carneiro resolveu retornar com os padres e os nativos que quisessem acompanhá-los, dizendo-lhes que era melhor irem para o Rio de Janeiro, onde poderiam viver com segurança. Os carijós se impressionaram pouco com as motivações. Um deles, porém, Boipeba, afirmou que não era bom ser feito cristão para depois viver como pagão e que ele, por amor de sua terra, tinha anteriormente pedido aos padres que ficassem com eles; agora, na impossibilidade de ficarem, os acompanharia com a sua família.
Entretanto o Padre Pedro da Mota, o Irmão Francisco de Moraes, Silvestre e mais alguns nativos tinham-se internado pelo sertão, numa viagem de 16 dias, longe da Laguna, a fim de ajuntar e persuadir os nativos a irem com os padres. Nesta dolorosa viagem por frios e desabrigados caminhos, com os trabalhos "que tiveram, de lavar, servir, amparar e ainda trazer às costas os doentes", foram surpreendidos por um "andaço de febres malignas". Adoeceram também eles. [A Evangelização em Santa Catarina. Parte I: Vida e Morte no Mundo dos Carijós (1500-1650), 1996. Padre José Artulino Besen, professor de História da Igreja. Página 70, 12 do pdf]