A 13 de julho, com grande clamor e ameaças de violências,215 pessoas foram tornar efetiva a intimação para que saíssem “os reverendos padres da capitania”.
Em 2 de junho de 1640, povo e câmara de São Paulo intimaram os jesuítas, na pessoa do Reitor Padre Nicolau Botelho, a que se recolhessem ao colégio do Rio de Janeiro, dando-lhes seis dias de prazo da expulsão, efetuada afinal em 13 de julho.
Entre os bandeirantes que assinaram a expulsão estava Balthazar Fernandes, Fernando de Camargo, Amador Bueno o Velho e Amador Bueno, o Moço; Bartolomeu Fernandes de Faria, José Ortiz de Camargo, Marcelino de Camargo, Francisco de Camargo; Manuel de Siqueira, João Maciel Baião, Simão Borges Cerqueira, Mateus Luís Grou, Bartolomeu de Quadros, Henrique da Cunha Lobo, Belchior de Borba, e outros mais. [Na Capitania de São Vicente p.407]
Sua assinatura é uma das últimas da Acta do grande ajuntamento de13 de julho de 1640, ocasião em que se reuniram e assinaram um termona Câmara mais de duzentos moradores das vilas de S. Paulo, Santanadas Cruzes de Mogimirim e Santana de Parnaíba, exigindo se cumprisseo que viera determinado da vila de S. Vicente, cabeça da Capitania,no referente a imediata expulsão dos jesuítas (ACCSP, V, 35 a 37). [Asbrap (H. V. Castro Coelho)]
Na manhã de 13 de julho de 1640 levou-se a efeito a expulsão dos ignacinos do seu colégio de São Paulo, tudo entre "muito instância e clamor" do numero popular que concorrera á sessão da Câmara, assistida dos procuradores de Mogy e Parnayba.Professando repugnância á responsabilidade, não quis a Câmara de São Paulo, que o seu escrivão deixasse de mencionar quanto se esforçara ela por apaziguar e aquietar os seus municipes.Tudo se baldára, porém; cada vez mais insistente exigia o povo o cumprimento das disposições da junta de São Vicente. Assim, protestava a Câmara, não haveria de incorrer em penas nem em censuras pela que se tinha passado, visto não conseguir dominar o sentimento público.Curioso como estes homens que se sentiam tão fortes na sua posição militar privilegiada, não tivessem a coragem plena das opiniões como a dos atos e recorresem á comédia das excusas infantis e pessimamente remendadas dos termos forjados para o rebate de possíveis acusações, aliás, anodinas.Episódios anedóticos das cenas de treze não os conhecemos; nenhum menciona Pedro Taques na sua "Notícia hitórica de expulsão dos jesuítas do Colégio de São Paulo", aliás tão pálida.Das atas da Câmara nda se deprende. Como teriam saído os padres? Que rumo seguiram? Quando embarcaram para o Rio de Janeiro? Teriam sido fisicamente maltratados ou tratados com deferencia?Cremos que não foram maltratados. Pelo menos nada a tal respeito dizem os historiadores jesuíticos do Paraguai. Relata Charlevoix apenas que o governador do Rio mandou castigar severamente um capitão de navio, que, sabedor dos sucessos de São Paulo, fizera salvar em honra ao escorraçamento dos ignacinos, Montoya nada pormenorisa.Incidentemente, conta Pedro Taques, que os loyolistas expulsos encontraram optima guarida em Santos, devido á amizade do prestigioso amigo Manuel Afonso Gaya, de quem diz:"O dito Manuel Afonso Gaya, foi capitão dos moradores da ilha de Santos. Em tempo que ainda não era praça d´armas com presidio de infantaria paga; e assim consta no arquivo da câmara dela no livro I registros folha 82. Serviu repetidas vezes os cargos da República e de juiz ordinário.Foi o senhor de engenho na sua fazenda de Pirayquiguassú. Em serviço da coroas, fez várias entrada ao sertão do Paranaguá. Teve grande respeito e igual veneração, não só dos moradores da praça, mas também dos paulistas da primeira nobreza.Este merecimento fez conseguir pelo seu ardente zelo, que os padres da Companhia de Jesus, que tinham sido lançados do colégio de São Paulo, não passassem de seu colégio da Vila de Santos, cujos religiosos, conhecendo o benefício, o gratificaram com uma obrigação por escrito, para que o seu protetor Manuel Afonso Gaya e seus legitimos descendentes tivesem jazigo próprio naquela igreja e sufrágios como religiosos; e cedeu a furia dos paulistas ás rogativas do capitão Gaya, em cuja contemplação não foram logo embarcados os ditos reverendos, que depois vieram também a largar aquele colégio.Este capitão Manuel Afonso Gaya, foi inteiro irmão do Padre Pedro Nunes da Siqueira, que foi clérigo coadjunto na igreja matriz da vila de Santos, e de D. Catharina de Mendonça, mulher de Francisco Barboza Souto-Maoir, cavaleiro professo da Ordem de Cristo, cuja nobreza e pureza de sangue consta nos autor de genere de seu filho Antonio Barboza de Mendonça, na camara epsicopal de São Paulo, maço letra a; e foram filhos de outro Manuel Afonso Gaya, em que teve principio a família deste apelido na vila de Santos e de sua mulher Maria Nunes de Siqueira, de nobre e antiga família dos Siqueiras Mendonças, da mesma vila, da qual são descendentes os Oliveiras Leitões por alianças de casamentos, e da mesma foi mulher de Luiz Dias Leme. [Historia geral das bandeiras paulistas]
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