Por volta do ano 1000, a região foi invadida por povos tupis-guaranis procedentes da Amazônia, que expulsaram os habitantes anteriores, falantes de línguas do tronco linguístico macro-jê, para o interior do continente. No século XVI, quando os primeiros europeus chegaram à região, a mesma era habitada pelos carijós.[9]
Na década de 1810, chegaram, no Porto de Cananéia, alguns jovens portugueses: dentre eles, Matias de Pontes. Na sua busca por ouro, Matias e um índio chamado Botujuru foram desbravando e explorando a mata.
Matias queria conhecer a região, porém Botujuru, ao contrair malária, veio a falecer. Ele foi o primeiro ser humano de que se tem conhecimento a ser enterrado no lugar. Matias e outros apossaram-se de duas glebas de terras: o acampamento e outra localizada rio acima, onde havia uma pequena queda d´água, que, por essa razão, passou a se chamar Cachoeira. Logo à frente, estava a Serra do Guaraú.
Outros lugares formam denominados por ele e permanecem até hoje com a mesma nomenclatura:
Pouso Alto: pelo fato de dormirem numa árvore por medo de feras;
Barra do Azeite: por encontrarem enorme pedra, na qual um garrafão de azeite de mamona foi quebrado;
Lavras: por terem sido encontrados vestígios de pessoas que já haviam passado e lavrado uma canoa.
No entanto, foi no século XX que suas terras obtiveram maior evidência, quando se descobriu a possibilidade de exploração das jazidas locais, situadas, sobretudo, no Morro da Pedra Cata-Agulha.
Na década de 1930, o Brasil tinha grande falta de cimento e fertilizantes e suas necessidades eram atendidas por importação. A comprovação de existência de calcário e apatita nas rochas de um vulcão extinto, feita pelo Engenheiro de Minas do Instituto Geográfico e Geológico de São Paulo, Theodoro Knecht, levou o Grupo Moinho Santista, que, naquela época, fabricava apenas tecidos, a pedir autorização ao governo brasileiro para explorar o calcário das jazidas locais. Em 1939, período em que se iniciaram as atividades de lavras de apatita, a Serrana S/A de Mineração construiu uma vila de operários no local onde havia apenas casebres de trabalhadores dos bananais.
Foi necessário construir uma estrada de ferro que levasse a apatita da mina pela margem esquerda do Rio Jacupiranga à sede do município. Numa segunda etapa, era transportada até ao Porto de Cubatão em Cananéia e, em seguida, levada em barcos até Santos, para depois seguirem por ferrovia, até chegar a São Paulo.
Mas foi a partir da Segunda Guerra Mundial que a exploração de minérios assumiu maior importância no crescimento da região. O distrito de Cajati foi criado em 30 de novembro de 1944, no povoado de Corrente, território do município de Jacupiranga, por sua vez fundado em 1864.
Seu desenvolvimento, contudo, foi bastante lento devido à dificuldade de comunicação, comum às cidades daquela região. Assim, somente em 30 de dezembro de 1993, Cajati emancipou-se de Jacupiranga, tornando-se município autônomo.
ToponímiaeditarVer também: Topônimos tupi-guaranis no Brasil"Cajati" é um termo originário da língua geral paulista que designa a árvore Cryptocarya mandioccana.[10
