Com a morte do avô paterno, em 1557, o príncipe é aclamado rei na tenra idade de 3 anos, pelo que o reino fica sob a regência da avó, tida como uma insidiosa partidária de Espanha. Desde logo, estava a regência em disputa entre ela e o cunhado – o cardeal D. Henrique – e não faltam registos da capacidade manipuladora de D. Catarina, da sua habilidade e tacto políticos. Não é certo que ela procurasse a unificação ibérica sob a coroa espanhola como um fim em si mesmo, mas tudo leva a crer que ela (no mínimo) olharia essa possibilidade como a menos nefasta das consequências para qualquer vicissitude. Nos bastidores da regência e da corte, eram discutidos quem seriam os educadores da criança, o modelo de educação, a nomeação do confessor e a proposta de vários nomes (sempre) vindos de Espanha para estas funções dificultam qualquer crença na boa-fé da regente em todo este processo.