Embora, no planalto, Sardinha tivesse organizado, nos meses de setembro eoutubro de 1592, entradas punitivas e estabelecido um sistema de revezamento navigilância do forte, exemplos de pedidos como os do castelhano João de Santa Anna,que solicitava à Câmara um “chão” no rocio da vila em 1592 por “ser muito necessáriorecolherem-se os moradores à vila e nela terem casas por respeito de estarmos emguerra”,362 davam mostra de que a situação estava mesmo longe de apaziguar.[1]
Aos 30 de setembro de 1592, Afonso Sardinha é eleito pelos "Homens Bons" e oficiais da Câmara de São Paulo, capitão da segunda guerra contra os selvagens do sertáo" (2) como assegura Aureliano Leite.
Diante dessas dificuldades o capitão-mor hesitava e procurou contemporizar. Na provisão de 30 de setembro de 1592, registrada a 10 de outubro desse ano (vol. 1º, pág. 59 – Reg. Geral), Jorge Correia determinou que Afonso Sardinha, em seu nome, fosse ao sertão, a ver o estado dos contrários ou a dar-lhes guerra com a maior segurança, levando a... [p. 247 e 248]
1592 — Afonso Sardinha é eleito, pelos oficiais e “homens bons” da vila de São Paulo, capitão da guerra contra os índios. Esta foi a segunda grande guerra dos paulistas, e durou sete anos. Depois de Sardinha, comandaram Jorge Leitão e João do Prado.
