Assim que a tripulação recuperou as forças, Magalhães zarpou novamente. Na ilha de Cebú ele estabeleceu uma aliança com seu governante e foi atraído para o conflito local. Para demonstrar a superioridade de sua religião e de seu poder, Magalhães decidiu fazer do líder rebelde, Lapú-Lapú, um exemplo. Magalhães queria mostrar ao seu novo aliado a superioridade militar de seus homens e recusa qualquer reforço oferecido a ele.
Mas Magalhães enfrentou um guerreiro embrutecido pelas batalhas e um pensador estratégico. Cada tatuagem na pele de Lapú-Lapú simbolizava uma batalha vencida. Magalhães não tinha ideia do homem com que estava lutando. Em 27 de abril de 1521 Fernão de Magalhães morre longe de casa, sem nunca ter chegado as ilhas das especiarias.
