Na Câmara dos Deputados, sua competência foi amplamente discutida, sendo, para muitos dos deputados, inadmissível que o diretor da Saúde Pública, juntamente com o presidente da República, pudesse sugerir que o micróbio causador da gripe "anda no ar sem vetor orgânico", acreditando que "as poeiras de Dakar viriam até aqui".

A situação de Carlos Seidl passou a ser insustentável diante dos ataques maciços da imprensa e de vários representantes políticos da capital federal.