Em 1687, o Capitão Bento, e seu irmão Francisco Nunes do Amaral (que também assinava como Francisco Gurgel do Amaral), e seu primo Dr. Cláudio Gurgel do Amaral foram acusados pela morte do Provedor da Fazenda Real, Pedro de Souza Correia (que ás vezes assinava como Pedro de Souza Pereira), conforme consta numa carta do Ouvidor-Geral Thomé de Almeida e Oliveira enviada para o Rei D. Pedro II de Portugal.

(...) Uma carta de 22 de maio de 1687 do Ouvidor-Geral Thomé de Almeida e Oliveira para o Rei D. João V de Portugal, menciona os nomes de Bento do Amaral (da Silva), do Dr. Cláudio Gurgel do Amaral e Francisco do Amaral (Gurgel), como uns dos responsáveis pela morte de Pedro de Souza Correia (que ás vezes assinava como Pedro de Souza Pereira). Em tal carta é mencionada a idade dos acusados, que contavam na ocasião com as seguintes idades: 33 (Cláudio), 40 (Bento) e 18 (Francisco). Os três se envolveram em outros episódios polêmicos em outros momentos. Bento do Amaral Coutinho possuía apenas 5 anos na ocasião da acusação;[6]Bento Coutinho pereceu jovem no combate contra os franceses; [4017]