Provisão confirma João Ramalho no cargo de capitão para guerra na Vila de São Paulo.Não se encontram elementos para afirmar ou para negar que ele tivesse tomado parte na governança da terra nos anos de 1558 a 1561, porque da Câmara, que nesses anos funcionou em Santo André e em S. Paulo, desapareceram os respectivos livros de atas.Mas em 1562, a 28 de maio, João Colaço, capitão-loco-tenente por Martim Afonso de Sousa, atendendo a que"por vozes e eleição João Ramalho havia sido escolhido para fazer a guerra, que então se esperava, nomeia-o capitão dessa guerra com amplos poderes, como si fosse ele em pessoa, determinando que todas as pessoas lhe obedecessem em tudo que fosse necessário para essa guerra, sob pena de prisão, de multa de vinte cruzados, pagos da cadeia, e de degredo de um ano para a Bertioga, sendo a metade da multa para o acusador e a outra metade para as despesas da guerra." (Atas, V. 1º, de S. Paulo, págs. 14 e 15)". • 1° fonte: 17/06/1938 Correio da Manhã
Em maio de 1562 João Ramalho é eleito pela Câmara e povo de São Paulo para capitão da gente que tem de ir á guerra contra outros nativos inimigos das bandas do Parahyba; em junho desse mesmo ano a vila tem de repelir os ataques de guayanazes e outras tribos dos arredores. As atas da Câmara dessa época revelam os contínuos sobressaltos em que vivia o pequeno núcleo de população branca do planalto.
Não se encontram elementos para afirmar ou para negar que ele tivesse tomado parte na governança da terra nos anos de 1558 a 1561, porque da Câmara, que nesses anos funcionou em Santo André e em S. Paulo, desapareceram os respectivos livros de atas. Mas em 1562, a 28 de maio, João Colaço, capitão-loco-tenente por Martim Afonso de Sousa, atendendo a que
“por vozes e eleição João Ramalho havia sido escolhido para fazer a guerra, que então se esperava, nomeia-o capitão dessa guerra com amplos poderes, como si fosse ele em pessoa, determinando que todas as pessoas lhe obedecessem em tudo que fosse necessário para essa guerra, sob pena de prisão, de multa de vinte cruzados, pagos da cadeia, e de degredo de um ano para a Bertioga, sendo a metade da multa para o acusador e a outra metade para as despesas da guerra. (Atas V. 1º de S. Paulo, págs. 14 e 15)”.
