Por ordem deles veio a este Colégio da Baia o irmão José de Anchieta e tomar ordens de missa, e no ano de 1567 se tornou a Capitania de São Vicente em companhia do Padre Inácio de Azevedo, que governava a Província, com título de visitador, e do bispo D. Pedro Leitão, que ia visitar as partes do sul, por ainda, então não haver Administrador, a cujo cargo hoje estão.

Começou o Padre José de ai por diante e exercitar os ministérios da Companhia com mais autoridade e fruto, usando de admoestações públicas com muito zelo, e de secretas com muita brandura, com que reduzia os pecadores ao caminho de sua salvação, nem se esquecia da caridade com os nativos, antes os ajudava mais no espiritual e defendia no temporal. [Vida do Padre José de Anchieta, 1607. Padre Pedro Rodrigues. Página 6]



Colégio de São Sebastião transferido para São Vicente em 1567 e instalado com este mesmo nome no Morro do Castelo no Rio de Janeiro