Outra parte dos manuscritos, encontrada nas últimas dez cavernas, estavam no Museu Arqueológico da Palestina, em posse do governo da Jordânia, que então controlava o território de Qumram. O governo jordaniano autorizou apenas oito pesquisadores a trabalharem nos manuscritos. Em 1967, com a Guerra dos Seis Dias, Israel apropriou-se do acervo do museu, porém, mesmo com a entrada de pesquisadores judeus, o avanço nas pesquisas não foi significativo.