A 9 de agosto de 1603 D. Francisco do interior com sua gente e em dezembro foi com ela ás minas de Monserrate. (Capistrano. Notas, a fr. Vicente do Salvador. P. 257)
Apesar de substituído no Governo-geral do Brasil, ainda se conservou em S. Paulo durante algum tempo, pelo menos até o ano de 1603, como se vê “no termo de ajuntamento que se fez para tratar da volta dos soldados que vieram de Vila Rica do Espírito Santo (no Guairá) “ajuntamento que se fez em presença de D. Francisco de Sousa” (Atas, vol. 2º, págs. 138 e 139).
Nesse mesmo ano, em 9 de agosto, a Câmara da vila de S. Paulo havia providenciado a aposentadoria do mesmo D. Francisco de Sousa, e mais gente que com ele vinha, e disso sendo encarregada a cigana Francisca Rodrigues (Atas, vol 2º, págs. 132 e 133).
Quis ele sem dúvida esperar o resultado da expedição de Nicolau Barreto, para se apresentar em Madri com as provas da existência das grandes minas, que com tanta obstinação buscava. Partiu afinal para a Espanha. Na Espanha reinava, então, Filipe III que, no Governo do Brasil, substituíra D. Francisco por Diogo Botelho. [Na Capitania de São Vicente p.287]
