Qualquer que tenha sido a real capacidade aurífera das minas de São Paulo - e adespeito da grande descrença de alguns círculos dos Conselhos reais -, Dom Franciscopassou, em apenas um ano, de forte suspeito de desvio e desperdício de verbas a um dosprotegidos do Duque de Lerma com abundantes concessões e mercês. Em novembro de1607, o Duque mandou interromper a tomada de residência que se fazia sobre o governode Francisco.